Nguồn:vnsharing.net
Mọi việc bắt đầu từ khi 2 nhà khoa học của Mỹ đang nghiên cứu cách mở cánh cổng nối tới 1 thế giới khác . Trong thí nghiệm của họ vô tình mở ra cánh cổng nối liền giữa thế giới Human và Digimon . Con trai của 2 người là Ikuto còn đang nằm trong nôi bị hút vào thế giới Digimon . Thế là 1 nhóm những nhà khoa học được phái đi tìm kiếm Ikuto trong đó trưởng đoàn là Suguru Daimon và phó đoàn là Kurata . Cả đoàn đi vào thế giới Digimon .
Trong thế giới Digimon , 1 Digimon cực kỳ mạnh mẽ đã tấn công bọn họ buộc họ phải quay về , Suguru vì muốn bảo vệ cho nhóm nên tình nguyện ở lại và cùng với khả năng chiến đấu bẩm sinh của mình ,ông ở lại đẩy lùi Digimon đó . Sau đó ông gặp được Merukimon là thủ lĩnh Digimon lúc bấy giờ . Thể hiện mong muốn có sự hoà bình giữa 2 thế giới Digimon và Human , được sự chỉ dẫn của Merukimon , Suguru đã lên đường đi tìm Yggdrasil – vị chúa tối thượng của thế giới Digimon .Trong lúc đó , cậu con Ikuto được thuộc hạ của Merukimon nhặt về và nuôi dưỡng , Merukimon tràn trề hy vọng sẽ có hoà bình giữa 2 thế giới nhờ vào Suguru .

Merukimon
Ở thế giới loài người , Kurata sau khi bị Digimon tấn công đã trở nên căm ghét thế giới Digimon và thể sẽ tiêu diệt thế giới Digimon . Vốn là 1 nhà khoa học , Kurata sáng tạo ra những vũ khí lợi hại có thể giết chết Digimon và những quả bom không gian có thể mở cánh cổng nối liền 2 thế giới bất cứ lúc nào . Kurata lập quân đội và đưa đội quân về tàn sát các Digimon . rất nhiều Digimon đã chết mà không thể tái sinh lại được trong đó có cả con Digimon chăm sóc Ikuto từ nhỏ (Ikuto may mắn thoát chết) ,việc này gây phẫn nộ cho Merukimon và Merukimon cho rằng Suguru đã phản bội mình nên triệu tập Digimon sẵn sàng tấn công lại thế giới loài người . Trong hành trình tiêu diệt Digimon , Kurata lạc vào 1 ngôi đền cổ và ở đó hắn tìm ra 1 quả trứng Digimon khổng lồ . Cho rằng đây là siêu vũ khí có thể giúp hắn thống trị được cả 2 thế giới ,Kurata rút quân về chuẩn bị cho 1 kế hoạch lớn hơn . Còn Merukimon cũng còn hy vọng Suguru không phản bội mình và sẽ quay về nên chưa vội tấn công thế giới loài người mà chỉ tích trữ quân
10 năm sau kể từ ngày Suguru mất tích ở thế giới Digimon , Suguru để lại 1 người vợ cùng với 2 đứa con . Đứa con trai lớn nay 14 tuổi tên là Masaru Daimon . Masaru thừa hưởng khả năng “siêu đấu sĩ” của cha mình và trong thành phố thỉnh thoảng xuất hiện những Digimon đi lạc vào thế giới loài người . Masaru kết bạn với 1 Digimon là Agumon và tham gia vào nhóm DATS – chuyên sử lý ,đưa những Digimon thất lạc trở về thế giới Digimon - và cậu kết thân cùng với 2 đồng nghiệp nữa . 1 ngày kia , có 1 con Digimon bay lạc vào nhà Masaru và được em gái của Masaru nhận nuôi nhưng Digimon đó đang chạy trốn sự truy bắt của Merukimon . Merukimon vì muốn bổ sung lực lượng của mình nên muốn bắt Digimon đó làm thuộc hạ .
Trong trận khổ chiến đấu với các thuộc hạ của Merukimon , Digimon của Masaru đã tiến hoá lên Ultimate – Risegreymon . Với mong muốn đánh bại dã tâm tấn công thế giới loài người của Merukimon và vì muốn đi tìm cha của mình đã thất lạc ở thế giới Digimon , Masaru cùng với 3 người bạn của mình lên đường đến thế giới Digimon . Trong suốt cuộc hành trình , cả 3 người gặp được Ikuto , Ikuto vì hận loài người giết chết Digimon đã nuôi dưỡng mình nên đứng về phía Merukiamon . Trong trận đánh cuối cùng , nhận thấy không thể thắng nổi Merukimon , cả bọn đã chạy về thế giới loài người và mang theo Ikuto . Ikuto gặp lại cha mẹ mình và sống trong thế giới loài người nên dần thay đổi nhưng vẫn muốn tìm ra ai đã gây ra cái chết cho “mẹ” của mình .
Ở thế giới Digimon , 1 người bạn của Merukimon là Saberleomon muốn tiêu diệt thế giới loài người nên tự ý hành động , dẫn quân đội Digimon đi tấn công . Vì đội quân của SaberLeomon quá đông và SaberLeomon quá mạnh , Masaru cùng nhóm DATS tuyệt vọng chống trả và khi tưởng như đã thua cuộc thì Kurata xuất hiện . Với tư cách là 1 người hiệp nghĩa Kurata đã dùng kỹ thuật của mình tạo ra cánh cổng Digimon hút đội quân của SaberLeomon về lại thế giới Digimon và dùng Digimon nhân tạo do hắn chế ra đánh lén SaberLeomon và giết chết SaberLeomon . Kurata dùng thân phận là 1 thành viên của DATS và muốn tiêu diệt Merukimon nên cùng nhóm Masaru đi đến thế giới Digimon 1 lần nữa .

Khi đối mặt với Merukimon , Kurata mới hiện nguyên hình là 1 kẻ tiểu nhân xảo trá , là người đã dẫn quân đi tiêu diệt Digimon những năm về trước . Cũng với Digimon nhân tạo của mình , Kurata đánh lén và làm trọng thương Merukimon . Trước khi chết ,Merukimon kể với Masaru rằng cha cậu đã đi tìm Yggdrasil và tới giờ vẫn chưa thấy trở lại . Chạy thoát về thế giới loài người , nhóm Masaru định vạch trần Kurata nhưng với quyền lực của mình ,Kurata đã giải tán nhóm DATS và đang định tấn công thế giới Digimon 1 lần nữa .Kurata tạo ra 3 tay sai cực mạnh là hắn cấy gien Digimon vào 3 thủ hạ của hắn khiến họ có thể biến hình thành Digimon cấp Ultimate . Vì muốn cứu thế giới Digimon , nhóm Masaru lại quay trở về thế giới Digimon để ngăn đội quân của Kurata .
3 thủ hạ của Kurata quá mạnh và nhóm của Masaru thất bại , nhờ sự giúp đỡ của 1 con Digimon cấp Mega , nhóm Masaru nhận ra sức mạnh thật sự của họ là gì và 3 Digimon của họ tiến hoá lên cấp Mega giết chết tay sai của Kurata . Thật sự , mục tiêu chính của Kurata là tiêu diệt 1 con rùa khổng lố mang cả 1 thành phố trên lưng của nó . Kurata dùng bom không gian đưa con rùa khổng lồ đó đến thế giới loài người , tiêu diệt nó và hút lấy sức sống của nó . Kurata cũng cám dỗ 1 thành viên trong nhóm bạn của Masaru về phe mình . Khi chiến đấu với kẻ phản bội ấy , Digimon của Masaru đã hy sinh và biến lại thành dạng trứng . Thành viên phản bội ấy thật sự là muốn do thám xem kế hoạch thật sự của Kurata là gì . Thì ra quả trứng khổng lồ mà Kurata tìm được trong ngôi đền cổ ấy là trứng của Chúa Quỉ và nó nở ra 1 trong 7 Chúa Quỉ vĩ đại nhất của thế giới Digmon – Belphemon . Và năng lượng mà Kurata hút từ con rùa khổng lồ là dùng để đánh thức Belphemon . Khi Belphemon thức tỉnh và Kurata đã dung hợp bản thâm mình với Belphemon với hy vọng sẽ khống chế được nó . Nhưng rồi Kurata lại bị Belphemon khống chế lại và bắt đầu tàn phá thế giới loài người .
Belphemon quá mạnh nên cả nhóm bạn Masaru cũng không thề đánh lại . Agumon của Masaru hồi sinh trở lại ,tiến hoá liền lên cấp Mega cũng không thể thắng nổi . Và rồi Digimon cấp Mega của Masaru tiến hoá lên 1 cấp độ cao hơn Mega tiêu diệt Belphemon . Trước khi chết Belphemon chơi đòn hy sinh , phá hỏng ranh giới của thế giới Digimon và loài người khiến cho 2 thế giới bắt đầu va chạm vào nhau . Con Digimon cấp Mega đã từng giúp đỡ nhóm bạn Masaru tiến hoá lên cấp Mega ,đứng ra làm trụ chống trời ngăn không cho 2 thế giới va chạm vào nhau . Nhận thấy tình trạng này không thể kéo dài được lâu , nhóm bạn Masaru trở về thế giới Digmon đi tìm Yggdrasil – vị chúa tối thượng của thế giới Digimon – với hy vọng người sẽ cứu được 2 thế giới .
Ở đó , nhóm bạn Masaru bị chặn lại bởi đội quân hộ vệ của Yggdrasil – Royal Knight . Mặc dù chỉ có 1 Royal Knight đứng ra ngăn cản nhưng cả nhóm Masaru cũng bị đánh bại . Mặc dù Digimon của Masaru tiến hoá lên hình dạng trên cấp Mega – hình dạng đã đánh bại Belphemon thì cũng bị Royal Knight hạ gục dễ dàng . Khi mà cả đội quân Royal Knight xuất hiện (7/12 người) , nhóm Masaru tưởng như cầm chắc cái chết thì bọn họ dừng tay lại . Masaru nhìn thấy cả 7 Royal Knight kia quỳ xuống trước 1 người và người đó không ai xa lạ , chính là Suguru – bố của Masaru , người mà 10 năm trước đã đi tìm Yggdrasil và mất tích từ đó . Không kịp vui mừng thì Masaru nhận ra , cha của mình Suguru đã trở thành Yggdrasil của thế giới Digimon và ông ra lệnh rằng 2 thế giới thì chỉ có thể cứu được 1 thế giới và ông với danh nghĩa là Yggdrasil đã chọn cứu thế giới Digimon bằng cách sai cái Royal Knight tiêu diệt thế giới loài người .Nhóm Masaru được 1 Royal Knight khác cũng yêu quí thế giới loài người và bất đồng với quan điểm của Yggdrasil cứu . và thế là nhóm Masaru phải bắt đầu cuộc chiến với các Royal Knight – những chiến binh Digimon vô địch – và cũng tìm cách thuyết phục cha của mình thay đổi ý định ……………..